Dasar utama penyusunan organisasi perangkat daerah dalam bentuk suatu organisasi adalah adanya urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah, yang terdiri atas urusan wajib dan urusan pilihan, namun tidak berarti setiap penanganan urusan pemerintahan harus dibentuk kedalam organisasi tersendiri. Pembentukan perangkat daerah semata-mata didasarkan pada pertimbangan rasional untuk melaksanakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangandaerah secara efektif dan efisien. Urusan wajib dan urusan pilihan dapat dilihat disini.
 
Penataan Organisasi Perangkat Daerah serta penyusunan struktur organisasi pada Satuan KerjaPerangkat Daerah (SKPD) saat ini dilakukan berdasarkan pada kerangka regulasi serta kebutuhan obyektif dan kondisi lingkungan strategis daerah. Kerangka regulasi yang dimaksud adalah Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 sebagai perubahan terhadap PeraturanPemerintah sebelumnya. Selain PP No. 41/2007, penataan kelembagaan perangkat daerah juga memperhatikan peraturan perundang-undangan yang memiliki relevansi dengan program penataan organisasi.
 
Berdasarkan Undang-Undang 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah perangkat daerah provinsi dan kabupaten/kota ditetapkan melalui Peraturan Daerah dengan bentuk sebagai berikut.
Perangkat Daerah Provinsi : Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas dan Badan.
Perangkat Daerah Kabupaten/Kota : Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas dan Badan.
 
Pembentukan organisais perangkat daerah yang berupa Dinas atau Badan diklasifikasikan berdasarkan Tipe A (beban kerja yang besar), Tipe B (beban kerja yang sedang) dan Tipe C (beban kerja yang kecil). Penentuan beban kerja bagi Dinas didasarkan pada jumlah penduduk, luas wilayah, besaran masing-masing Urusan Pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah, dan kemampuan keuangan Daerah untuk Urusan Pemerintahan Wajib dan berdasarkan potensi, proyeksi penyerapan tenaga kerja, dan pemanfaatan lahan untuk Urusan Pemerintahan Pilihan. Sedangkan besaran beban kerja pada Badan berdasarkan pada jumlah penduduk, luas wilayah, kemampuan keuangan Daerah, dan cakupan tugas.
 
Pemberian nama/nomenklatur Dinas dan Badan disesuikan dengan perumpunan dan klasifikasi yang telah ditentukan. Perumpunan urusan yang diwadahi dalam bentuk Dinas terdiri dari:
  1. bidang pendidikan, pemuda dan olahraga;
  2. bidang kesehatan;
  3. bidang sosial, tenaga kerja dan transmigrasi;
  4. bidang perhubungan, komunikasi dan informatika;
  5. bidang kependudukan dan catatan sipil;
  6. bidang kebudayaan dan pariwisata;
  7. bidang pekerjaan umum yang meliputi bina marga, pengairan, cipta karya dan tata ruang;
  8. bidang perekonomian yang meliputi koperasi dan usaha mikro, kecil dan menengah, industri dan perdagangan;
  9. bidang pelayanan pertanahan;
  10. bidang pertanian yang meliputi tanaman pangan, peternakan, perikanan darat, kelautan dan perikanan, perkebunan dan kehutanan;
  11. bidang pertambangan dan energi; dan
  12. bidang pendapatan, pengelolaan keuangan dan aset.

Perumpunan urusan yang diwadahi dalam bentuk badan, kantor, inspektorat, dan rumah sakit, terdiri dari:

  1. bidang perencanaan pembangunan dan statistik;
  2. bidang penelitian dan pengembangan;
  3. bidang kesatuan bangsa, politik dan perlindungan masyarakat;
  4. bidang lingkungan hidup;
  5. bidang ketahanan pangan;
  6. bidang penanaman modal;
  7. bidang perpustakaan, arsip, dan dokumentasi;
  8. bidang pemberdayaan masyarakat dan pemerintahan desa;
  9. bidang pemberdayaan perempuan dan keluarga berencana;
  10. bidang kepegawaian, pendidikan dan pelatihan;
  11. bidang pengawasan; dan
  12. bidang pelayanan kesehatan.

untuk Organisasi Perangkat Daerah Kota Palangka Raya berdasarkan Peraturan Daerah Kota Palangka Raya Nomor 11 Tahun 2016 Tentang Pembentukkan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Palangka Raya terdiri dari :

Sekretariat, yang terdiri dari :

  1. Sekretariat Daerah Kota Palangka Raya
  2. Sekretariat DPRD Kota Palangka Raya 

Dinas, yang terdiri dari :

  1. Dinas Kesehatan
  2. Dinas Sosial
  3. Dinas Tenaga Kerja
  4. Dinas Perhubungan
  5. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
  6. Dinas Kebudayaan dan Pariwisata
  7. Dinas Perumahan Rakyat dan Kawasan Pemukiman
  8. Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang
  9. Dinas Koperasi dan UKM
  10. Dinas Perindustrian dan Perdagangan
  11. Dinas Ketahanan Pangan dan Pertanian
  12. Dinas Perikanan
  13. Dinas Lingkungan Hidup
  14. Dinas Kepemudaan dan Olahraga
  15. Dinas Pengendalian Penduduk Keluarga Berencana Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak
  16. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
  17. Dinas Pemadam Kebakaran dan Penyelamatan
  18. Dinas Komunikasi Informatika Statistik dan Persandian
  19. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan
  20. Dinas Pendidikan

Badan, yang terdiri dari :

  1. Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah
  2. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah
  3. Badan Kepegawaian Pendidikan dan Pelatihan
  4. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik
  5. Badan Penanggulangan Bencana Daerah
  6. Badan Penelitian dan Pengembangan

Inspektorat dan Satuan, terdiri dari :

  1. Inspektorat
  2. Satuan Polisi Pamong Praja

Kecamatan, yang terdiri dari :

  1. Kecamatan Pahandut
  2. Kecamatan Jekan Raya
  3. Kecamatan Bukit Batu
  4. Kecamatan Sabangau
  5. Kecamatan Rakumpit